El nacimiento de la Casa de Expósitos de Málaga lo hallamos en 1573, siendo obispo de la ciudad don Francisco Blanco de Salcedo, cuando el gremio de carpinteros decidió nombrar a san José como su patrón, dándole culto en la parroquia de los Santos Mártires, a la vez que tomó la iniciativa de dar cobijo a los niños expósitos recogiéndolos en el Hospital de Convalecientes (hoy queda el nombre de calle Convalecientes), fundado en 1571 por doña Isabel Dalvo, esposa del regidor malagueño Contador de Baena.
A partir de 1606 los carpinteros determinaron construir una ermita para adorar a su patrono y una casa-hospital donde asilar a los niños. Dichas obras se comenzaron en una parcela colindante al Hospital de Convalecientes, pero, debido a problemas económicos, el obispo tuvo que intervenir para que se finalizasen. La casa-hospital fue fundada bajo la advocación del santo patrón con el nombre de “Hospital de San José, Casa de Expósitos”, comenzando a funcionar en el mes de noviembre del año 1640.
La Casa-Hospital sobrevivía a duras penas y a comienzos del siglo XVIII estuvo a punto de cerrar, pero su clausura pudo evitarse gracias a las donaciones y legados realizados por fray Manuel de Santo Tomás y Mendoza (1714-1717), obispo de Málaga.
La Casa de Expósitos pasaría al edificio de la calle Parras en 1785.
En 1952, fue trasladada a la nueva Casa Cuna de la Diputación de Málaga (Avenida del Arroyo de los Ángeles, Málaga, España, 1952-)